Operação Lava Jato investiga há 25 meses um esquema de corrupção na Petrobras e mais de 20 projetos já foram citados em denúncias, com a maior parte deles sofrendo aumentos sucessivos de custo e atrasos na execução. Não seria diferente na Bahia, onde a Ferrovia Integração Leste-Oeste já teve o custo aumentado em cerca de 50%.
De acordo com um levantamento do portal UOL, o projeto custaria inicialmente R$ 4,2 bilhões. Atualmente, o orçamento está em R$ 6,38 bilhões, um aumento de R$ 2,18 bilhões. Assim como mais de outras 10 obras, a ferrovia baiana também sofre com atrasos, era pra ter sido entregue à população em 2015 e a previsão de término ficou para 2018.
Vale citar que as mudanças não têm necessariamente relação com corrupção ou superfaturamento das obras. Os aumentos e os adiamentos são, em grande parte, justificados por mudanças ou adaptações corriqueiras feitas nos projetos. (Só em Ilhéus)